1.  Develop an analytical platform for efficient detection of biomolecules using electron transfer dissociation technique and mass spectrometry (利用電子轉移裂解技術與質譜術發展高效率之生化分子分析平台) (國科會99-2113-M-005-001-MY3) 計畫主持人:賴建成 2010.08.01 to 2013.07.31
2    Develop an analytical platform for efficient detection of rice proteome and phosphoproteome using electron transfer dissociation technique and mass spectrometry (利用電子轉移裂解技術與質譜術發展高效率之水稻蛋白質體與磷酸蛋白質體分析平台) (國科會96-2113-M-005-011-MY3) 計畫主持人:賴建成 2007.08.01 to 2010.07.31
3.     Diagnostic Screening for Mucopolysaccharidoses by Mass Spectrometry (黏多醣貯積症之篩選診斷法:質譜檢驗方法開發) (國科會95-2113-M-005-023-) 計畫主持人:賴建成 2006.08.01 to 2007.07.31
4.   Development of a rapid screening assay for alkaptonuria, urea cycle disorders and neuroblastoma (II) (以質譜術快速篩檢黑尿症,尿素循環疾病及神經母細胞瘤之技術建立 (II)) (國科會94-2113-M-039-002-) 計畫主持人:賴建成 2005.08.01 to 2006.07.31
5. Development of a rapid screening assay for alkaptonuria, urea cycle disorders and neuroblastoma (以質譜術快速篩檢黑尿症,尿素循環疾病及神經母細胞瘤之技術建立) (國科會93-2113-M-039-001-) 計畫主持人:賴建成 2004.08.01 to 2005.07.31
6.   A rapid screening assay for measuring very long chain fatty acids from newborns with congenital peroximal disorders by liquid chromatography/tandem mass spectrometry (2/2) (液相層析/串聯質譜儀連線偵測極長鏈脂肪酸於新生兒之先天性過氧化酶體失調之篩選應用(2/2)) (國科會92-2113-M-039-003-) 計畫主持人:賴建成 2003.08.01 to 2004.07.31
7.   以液相層析/串聯式質譜儀建立別嘌醇測試法(allopurinol test)及罕見疾病戊二酸尿症第一型的生化與分子醫學診斷 (行政院衛生署國民健康局) 計畫主持人:賴建成 2003.01.01 to 2004.12.31
8.   A rapid screening assay for measuring very long chain fatty acids from newborns with congenital peroximal disorders by liquid chromatography/tandem mass spectrometry (1/2) (液相層析/串聯質譜儀連線偵測極長鏈脂肪酸於新生兒之先天性過氧化酶體失調之篩選應用(1/2)) (國科會91-2113-M-039-001-) 計畫主持人:賴建成 2002.08.01 to 2003.07.31

9.   A rapid screening assay for measuring steroid hormone in dried blood specimens from newborns with congenital adrenal hyperplasia by liquid chromatography/tandem mass spectrometry (液相層析/串聯質譜儀連線偵測類固醇荷爾蒙於新生兒之先天性腎上腺增生症之篩選應用) (國科會90-2113-M-039-002-) 計畫主持人:賴建成2001.08.01 to 2002.07.31

10.  Rapid Assay of Dehydroepiandrosterone and Its Sulfate levels in Patients with Thyroid Dysfunction and Growth Hormone Deficiency using High Performance Liquid Chromatography/Electrospray Ionization Tandem Mass Spectrometry (液相層析/質譜儀連線於甲狀腺功能不全與成長激素缺乏症病人血液中Dehydroepiandrosterone及其硫酸鹽之快速偵測) (中國醫藥學院附設醫院院內計劃DMR-91-101) 計畫主持人:賴建成2001.08.01 to 2002.07.31

共同主持計劃

1.與第二型蛋白分泌機器 ATPase 具專一性結合作用之膜蛋白 GspL 中之專一性決定因子(國科會97-2311-B-005-005-MY3),2008.08.01 to 2011.07.31
2.綠豆澱粉磷解的基因選殖表現與生化特性探討(國科會97-2313-B-019-011-MY3),2008.08.01 to 2011.07.31
3.以系統生物分析技術探索SARS冠狀病毒蛋白脢PLpro3CLproubiquitin訊息傳遞機制之影響(國科會96-2320-B-039-008-MY3),2007.08.01 to 2010.07.31
4.SARS冠狀病毒蛋白酉每3CLproPLpro之分子致病機制探討細胞週期細胞凋亡及發炎訊號(國科會95-2320-B-039-019-),2006.08.01 to 2007.07.31
5.誘發大白鼠草酸鈣結石腎臟蛋白質改變的質譜儀特性研究(國科會95-2314-B-039-016-),2006.08.01 to 2007.07.31
6.人類結石之蛋白質體研究偵測台灣地區結石之生物標誌及其病因(國科會94-2320-B-039-036-),2005.08.01 to 2006.07.31
7.D型安非他命對培養的人類肝臟及白血球細胞誘發基因蛋白質體表現變異及細胞凋亡之探討,(衛生署管制藥品管理局) 2002.01.01 to 2002.12.31